Forscher verwenden 454 Sequencing System zur schnellen Sequenzierung der Aviären Influenza

Ein Team von Forschern am Institut für Virusdiagnostik , Friedrich-Loeffler- Institut Insel Riems , in Deutschland ist ein einfaches und schnelles Verfahren zur Herstellung von Vogelgrippe -Proben von infizierten Personen für die Sequenzierung mit dem Genome Sequencer FLX System entwickelt.

Das hochpathogene Vogelgrippe A-Virus ( HPAIV ) des Subtyps H5N1 globaler Bedeutung als potenzielle Gefahr einer Pandemie verursacht , Millionen von Geflügel zu töten und tödlich überqueren , um den Menschen in einer Reihe von Fällen dokumentiert . Das Risiko einer Sequenzmutationen , die eine Erhöhung der Pathogenität führen , was bedeutet, eine Eskalation in der Gefahr für die Gesundheit des Virus , verlangt schnelle und zuverlässige Methoden für eingehende Volllängensequenz -Analyse , um die Ausbreitung der Krankheit zu verhindern . Höper et al. (1) entwickelt eine einfache und sensitive Methode zur Herstellung von Sequenzierungsbibliothekenvon HPAIV H5N1 -RNA-Proben für die Sequenzierung mit dem Genome Sequencer FLX Instrument . Das vorgestellte Verfahren nahtlos Hochdurchsatz- Sequenzierung 454 in Analyse ohne dass zusätzliche Geräte oder molekularbiologischen Techniken neben Standard-PCR und der Genome Sequencer FLX Probenaufbereitung und Sequenzierung Pipeline.

Nach Ansicht der Autoren ist ihr Ansatz die erste veröffentlichte Methode ermöglicht die Sequenzierung kompletter Genome HPAIV H5N1 direkt von individuellen menschlichen Proben mit dem Genome Sequencer FLX . Massiv parallele Sequenzierung von Shotgun -Bibliotheken mit dem GS FLX System mit Standard bis zu 500 Mb von Roh -Sequenzdaten in einem einzigen Instrument Lauf generiert Serie Reagenzien . Die enorme Tiefe der Berichterstattung durch die Sequenzdaten ermöglichte Darstellung jedes Nukleotid in mehrere unabhängige liest zur Verfügung gestellt.

" Diese Methode ist einfach nicht zu vergleichen mit herkömmlichen Sequenzierung und bei weitem übertrifft die einzelnen liest der ' diagnostic' - relevanten Websites des Hämagglutinin -Gen der Geflügelpest wie in früheren Studien generiert ", erläutert Dirk Höper . "Unsere Methode ermöglicht die Sequenzierung kompletter HPAIV H5N1 Genome von Routineproben , weder fordern vorherigen Virusvermehrung in Eiern oder Zellkultur oder Klonierung und Amplifikation von cDNA in Vektoren. Unser Ansatz ermöglicht die Sequenzierung von bis zu 8 vollständige virale Genome innerhalb von nur 3 Tagen zuvor schwer und folglich die Zuverlässigkeit der Sequenz. das Verfahren hat das Potential, sich nahtlos in den normalen Diagnoseroutine integrieren. " Das beschriebene Verfahren kann leicht an unterschiedliche HPAIV Untertypen angepasst werden , so dass die Sequenzierung von Genomen in voller Länge unmittelbar nach Identifizierung des Subtyps durch Routinediagnostik .

" Die hohe Genauigkeit und schnelle Laufzeit machen 454 Sequencing ideal für medizinische Anwendungen. Diese Studie zeigt das enorme Potenzial unserer Technologie für zukünftige diagnostische Anwendungen auf dem Gebiet der Virologie ", sagt Chris McLeod, Präsident und Geschäftsführer von 454 Life Sciences .

454 Life Sciences, ein Center of Excellence von Roche Applied Science , entwickelt und vermarktet das innovative 454- Sequenzierungssystem für ultra- Hochdurchsatz- DNA-Sequenzierung. Spezifische Anwendungen sind De-novo- Sequenzierung und Resequenzierung von Genomen, Metagenomik , RNA-Analyse und die gezielte Sequenzierung bestimmter DNA-Regionen von Interesse. Die Kennzeichen des 454 Sequencing sich durch eine einfache , unvoreingenommene Probenvorbereitung und lange , liest sehr genaue Reihenfolge , einschließlich Paired-End . Die Technologie des 454 Sequencing System hat Hunderte von Experten begutachteten Studien in so unterschiedlichen Bereichen wie Krebs und Infektionsforschung , Wirkstoffsuche, Meeresbiologie, Anthropologie, Paläontologie und vielen anderen ermöglicht.

Über Roche

Mit Hauptsitz in Basel, Schweiz , ist Roche eine der weltweit führenden , forschungsorientierten Gesundheitskonzerne in den Bereichen Pharma und Diagnostika . Als weltweit grösstes Biotech-Unternehmen trägt Roche mit innovativen Produkten und Dienstleistungen , die der Früherkennung , Prävention, Diagnose und Behandlung von Krankheiten dienen, trägt das Unternehmen auf breiter Basis zur Verbesserung der Gesundheit und Lebensqualität der Menschen. Roche ist der weltweit bedeutendste Anbieter von In -vitro-Diagnostika und Arzneimitteln für Krebs und Transplantationen und ist ein Marktführer in Virologie . Es ist auch in anderen wichtigen therapeutischen Gebieten , wie Autoimmunkrankheiten , entzündlichen und metabolischen Erkrankungen und Erkrankungen des zentralen Nervensystems. Im Jahr 2008 erzielte die Division Pharma einen Umsatz von 36,0 Milliarden Franken und die Division Diagnostics Verkäufe von 9,7 Milliarden Franken. Roche unterhält Forschungs-

(1) Höper D, Hoffmann B , Bier M. Einfache , empfindliche und schnelle Sequenzierung kompletter Genome Vogelgrippe vom Typ H5N1 , J. Clin. Microbiol. 2009 47: 674-679 .

Die 454 GS FLX wird nur für biowissenschaftliche Forschungszwecke verkauft. Das 454 Genome Sequencer FLX wird nur für die Grundlagen oder angewandte Forschung im Labor bestimmt und ist nicht für den Einsatz in der Humandiagnostik bestimmt . Roche Diagnostics keine Nutzung der 454 Genome Sequencer FLX außer Grund oder angewandte Forschung im Labor dulden , und Roche Diagnostics werden andere Verwendung nicht unterstützen .

454, 454 Sequencing , 454 LIFE SCIENCES und GS FLX TITANIUM sind Marken von Roche .

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