Verhindern von Lebensmittelvergiftung Ausbrüche : Genome Sequencing zu beurteilen haben eine neue Form von Clostridium botulinum

Wissenschaftler an der Norwich Research Park haben das Genom eines neuartigen Stamm von sequenziert Clostridium botulinum, Einer der gefährlichsten Krankheitserreger auf den Menschen bekannt . Der Stamm produziert einen ungewöhnlichen Botulinum-Neurotoxin , wie Typ A5 Neurotoxin , das von der Health Protection Agency (HPA) isoliert wurde bekannt , nach einem Fall von Wund Botulismus .

Professor Mike Peck und seine Forschungsgruppe am Institut für Lebensmittelforschung (IFR) Studie Clostridium botulinum .Ihr Know-how ist entscheidend, um zu verhindern, Lebensmittelvergiftung Ausbrüche in Großbritannien und international als auch für das Verständnis der Gefahr , dass diese Neurotoxin - produzierenden Bakterien darstellen , um die biologische Sicherheit . Ausbrüchen lebensmittelbedingter Botulismus sind extrem selten , wegen der sorgfältigen Art, in der Forscher und der Lebensmittelindustrie zusammenarbeiten, um die Risiken zu minimieren .

" Die Analyse der Genomsequenz zeigt an, dass , während die Art des Neurotoxins gebildet ist ungewöhnlich, der Organismus selbst in engem Zusammenhang mit anderen Stämmen erscheint Clostridium botulinumIst und wahrscheinlich eine ähnliche Bedrohung für die Lebensmittelsicherheit und Biosicherheit darstellen ", sagte Professor Peck .

Der Roman A5 Neurotoxin und seine Gensequenz wurden zuerst von Professor Peck Forschungsteam entdeckt , und anderen Laboratorien analysieren jetzt dieses spezielle Nervengift und die Beurteilung der Auswirkungen auf die Lebensmittelsicherheit und Biosicherheit.

Nachdem die komplette Genomsequenz ist entscheidend, um die Verwaltung der potentiellen Bedrohung , die der neue Stamm darstellt. Die vollständige Genomsequenz des Stammes wurde von der Genomanalysezentrum ( TGAC ) erzeugt wird, und wird in der Studie der Hilfe Clostridium botulinumund Botulismus im Allgemeinen.

Hochdurchsatz -Sequenzierung wurde TGAC mit den Roche 454 und Illumina GAII Next Generation Sequencing -Plattformen mit der längeren 454 liest montierten ersten und gefolgt von Illumina liest , um Mehrdeutigkeiten zu beheben durchgeführt . Verbleibenden Lücken in der Versammlung wurden von Prof Pecks Gruppe IFR mit anderen Sequenzierungsmethoden geschlossen .

" Mit TGAC vor unserer Haustür war sehr nützlich für dieses Projekt und wird ein Segen für IFR Wissenschaft sein ", sagte Professor Peck . "Es hat uns ermöglicht, die Gefahr, dass dieser neue Stamm kann die Lebensmittelsicherheit und Biosicherheit durch schnelles liefert eine vollständige Genom , fertigen Genomsequenz darstellen zu bewerten. "

IFR und TGAC sind Institute der Biotechnologie und Biologische Wissenschaften Research Council ( BBSRC ), die diese Forschung finanziert.

Das Genom wurde TGAC von Dr. Lisa Crossman kommentiert. Hinzufügen von Anmerkungen , die das Genom beinhaltet Blick auf die genomische Sequenz , und herauszufinden, wo die Gene selbst sind , und was sie tun können . Dies wird durch einen Vergleich mit Genen bekannter Funktion von anderen Bakterien erfolgen .

"Wir haben zuerst kommentierte das Genom automatisch, aber wegen der Bedeutung bei der Erlangung einer hochwertigen Reihe von Genen , die wir manuell die interessantesten Teile des Genoms kuratiert ", so Dr. Crossman .

Die 3,9 Mb Genom ist strukturell ähnlich wie andere Stämme von C. botulinum . Die Forscher identifiziert das Gen, das das Neurotoxin , das in der gleichen Position wie in vielen anderen C. botulinum Stämmen produziert , und bestätigte, dass keine anderen Neurogenevorhanden waren. Die Sporenkeimung benötigten Gene sind ähnlich denen in verwandten Stämmen .

Hinweise:

Diese Arbeit wurde in Zusammenarbeit mit der Health Protection Agency (HPA) durchgeführt und im Amtsblatt Journal of Bacteriology. Die vollständige Genomsequenz in EMBL / Genbank unter der Zugangsnummer FR773526 zur Verwendung durch den breiteren Forschungsgemeinschaft hinterlegt.

Quelle:
Andrew Chapple
Norwich BioScience Institute