Next-Generation- Sequenzierung verwendet werden, um schnell zu identifizieren Erreger

    Er nennt sich den Bug Jäger , aber das Ziel seiner Arbeit ist von Viren, die nur gefunden werden kann und mit speziellen Methoden und Instrumente identifiziert. Benjamin Hause , ein Forschungs-Assistent Professor an der Kansas State Veterinary Diagnostic Laboratory an der Kansas State University , die vor kurzem einen Artikel über eine seiner Entdeckungen , Schweine Enterovirus G , die ein wichtiger Fund in den Vereinigten Staaten veröffentlicht .

    "Wir hatten einen Virus in den Zellen isoliert , aber nicht , was es war ", sagte Hause . "Früher haben wir der nächsten Generation Sequenzierung , um sie zu identifizieren , und es stellte sich heraus , um Enterovirus- G , die zuvor beschrieben worden war, aber noch nie zuvor in Nordamerika gefunden worden zu sein."

    Das Virus wird angenommen gutartig und ist nicht bekannt, eine Krankheit zu verursachen , aber es war nur vor in Europa und Asien gemeldet.

    "Zum Glück Enterovirus- G nicht viel tun, bei Schweinen , aber es wirft Bedenken über andere Viren immer über die Grenze ", sagte Hause . "Wir sind nicht sicher, ob dies ist hier für einige Zeit unerkannt war oder ist eine kürzlich erfolgte Einführung Zufälligerweise das Virus am ehesten ähnelt 2012 Chinese Isolate und wurde etwa zur gleichen Zeit wie ein paar andere Viren erkannt : . Schweine- Epidemie Durchfall Virus und Schweinen deltacoronavirus , die beide in China im gleichen Zeitraum vor der US " erkannt

    Beide Schweine- Epidemie Durchfall Virus und Schweinen deltacoronavirus haben große wirtschaftliche Verluste Schweineproduzentenin Nordamerika verursacht und haben Auswirkungen auf verschiedene andere Aspekte der Schweineindustrie . Hause hat diese Viren in der Kansas State Veterinary Diagnostic Laboratory als eine Möglichkeit, die Zuverlässigkeit der Sequenzierungsverfahren der nächsten Generation nutzt er zur Identifizierung und Charakterisierung Krankheitserregern zu gewährleisten abgebildet. Die Technik wird in Kürze im Labor angeboten.

    "Da wir Viren zu isolieren , können wir völlig ihre Genome sequenzieren ", sagte Hause . "Wir können ein gutes Verständnis von dem, was macht diese Viren kreuzen zu bekommen. Next - Generation-Sequencing geht weiter und ermöglicht es uns, Metagenom- Sequenzierung , in denen wir das Virus nicht zu isolieren, durchzuführen. Stattdessen können wir alle in einer Probe enthaltenen DNA -Sequenz, die umfasst die Wirts-DNA , plus es liest alle Viren in der Probe zu . es ist eine universelle Methode , um Viren , die wir angepasst und Veterinärdiagnostik angewendet haben zu erkennen. "

    Jüngsten Arbeit Hause hat zur Entdeckung einer LED Grippe Virus bei Rindern .

    " Ein Schweine Probe kam , dass wir dachten, war Grippe, sondern auch alle anderen Tests waren negativ ", sagte Hause . "Wir fanden statt , dass dies eine ganz neue Art der Influenza . Nachfolgende Untersuchungen haben gezeigt, dass es weit verbreitet bei Rindern , nicht nur Schweine. Jetzt werden wir das Studium der Vereinigung von dieser Sorte von Rinder Influenza mit Atemwegserkrankungen in Weiden . "

    Vor seiner Tätigkeit bei der Kansas State University im Mai war Hause die Diagnoselaborleiterin Newport Labs in Worthington , Minnesota. Er arbeitete an seinem Enterovirus- G Papier mit Richard Hesse , einem Diagnose Virologe an der Kansas State Veterinary Diagnostic Laboratory , die rekrutieren Hause zur Universität , um seine Next-Generation- Sequencing -Methode, die andere Vorteile von Identifizierung und Charakterisierung von Krankheitserregern hat weiter zu entwickeln half .

    " Wie ein Virus mutiert und Änderungen können der nächsten Generation -Sequenzierung verwendet werden, um Update -Impfstoffe zu helfen , so dass sie immer noch wirksam ", sagte Hause . "Durch diese Technologie können wir eine Datenbank mit einer Sammlung von Viren bauen auf, wo sie hergekommen sind und welche Art von klinischen Bild zu sehen war . Dann können wir , dass die Datenmenge , die Impfstoffe entspricht oder zusätzliche Informationen über den Erreger zu abzubauen. Einige Krankheiten sowie Grippe mutieren und verändern sich schnell , und kann von Menschen auf Schweine und wieder auf den Menschen überspringen , so ist es wichtig, sowohl für die Tiergesundheit und die menschliche Gesundheit , die wir beobachten und verstehen, diese Viren so viel wie möglich . "