Whole Genome Sequencing besser auf der Spur TB Ausbrüche als Standard Test

Eine neue Form der genetischen Tests der Bakterien, die bewirkt, Tuberkulose können bessere Informationen über TB Übertragung liefern und auch Spuren TB Ausbrüche genauer als der aktuelle Standard-Test , nach einer Studie aus Deutschland in dieser Woche veröffentlicht PLoS Medicine.

Ein Forscherteam um Stefan Niemann vom Forschungszentrum Borstel , Molecular Mykobakteriologie führte verglichen die Ergebnisse der zwei Arten von Tests auf 86 M. tuberculosisIsolate aus einer TB -Ausbruch in den Bundesländern Hamburg und Schleswig-Holstein von 1997 bis 2010 , in dem 2301 Menschen wurden in der Studie Zeitraum krank .

Sie fanden heraus, dass der neue Test ( Sequenzierung ganzer Genome ) vorgesehen genauere Informationen zu Clustering und Längs Ausbreitung des Erregers als die Standard-Test (klassische Genotypisierung ) . Wichtig ist, offenbart Sequenzierung ganzer Genome , dass erste Ausbruch Isolate wurden fälschlicherweise durch klassische Genotypisierung Cluster und führen nicht zu einer aktuellen Übertragungskette gehören.

Durch den Einsatz von Genomsequenzierungs schätzten die Autoren, dass das genetische Material M. tuberculosismit einer Rate von 0,4 Mutationen pro Genom pro Jahr entwickelt , was darauf hindeutet , dass das Bakterium wächst in seinem natürlichen Wirt ( Infizierten ) mit einer Verdopplungszeit von 22 Stunden oder 400 Generationen im Jahr . Diese Feststellung über die Evolution M. tuberculosisgibt an, wie Informationen aus Sequenzierung ganzer Genome können verwendet werden, um zukünftige Ausbrüche zu verfolgen .

Wichtig ist, wie die Kosten für die Sequenzierung ganzer Genome sind rückläufig , dieser Test könnte schon bald die Standardmethode für die Identifizierung Übertragungsmuster und die Sätze der Ausbrüche von Infektionskrankheiten .

Die Autoren stellen fest : "Unsere Studie zeigt, dass die Sequenzierung ganzer Genome basierte Typisierung bietet epidemiologisch relevanten Beschluss der großen Längs [ Mycobacterium tuberculosis] Ausbrüche wesentlich effizienter als klassische Genotypisierung. "

Sie fahren fort : " Wir stellen uns vor , dass [ Sequenzierung ganzer Genome ] fortschreitende wirksame Umsetzung wird durch die kontinuierlich abnehmSequenzierungsKostenbeschleunigt werden , breitere Verteilung der sogenannten Tisch Genom Sequenzern und kommende Entwicklungen der Bioinformatik , um schnelle und relevante Interpretation der gewonnenen Daten erleichtern in der öffentlichen Gesundheit und medizinische Zusammenhänge. "