Next Generation Sequencing Ansatz bietet schnelle, präzise und Low Cost Analysis Of BRCA Gene Mutationen in Brustkrebs

Personen mit Mutationen in Genen BRCA1 und BRCA2 haben ein deutlich höheres Risiko, an Brustkrebs und Eierstockkrebs . Risikofamilien gesucht haben Gentests und auf der Grundlage ihrer MutationsträgerstatusBeratung , aber die Standardmethode für die direkte Sequenzierung ist arbeitsintensiv , teuer und es zielt nur einen Teil der Gene BRCA1 und BRCA2 . Eine Gruppe von kanadischen Wissenschaftlern hat einen neuen Ansatz für die Sequenzierung eine effektivere Methode der BRCA1 / 2- Mutationsanalyse liefern entwickelt. Ihre Arbeit wird in der September-Ausgabe veröffentlicht Das Journal of Molecular Diagnostics.

" Ein umfassendes Verständnis von BRCA1 / 2 -Genotypen und die damit verbundene Tumor Phänotypen ist notwendig, um zielgerichtete Therapien zu etablieren ", sagt Studienleiter Hilmi Ozcelik , PhD, der Fred A. Litwin Zentrum für Krebsgenetik, Samuel Lunenfeld Research Institute, Mount Sinai Hospital , Toronto, Ontario, Kanada. " Jüngste Studien haben vorgeschlagen , dass bestimmte chemischen Inhibitoren wirksam für die Behandlung von sich Brustkrebs bei Patienten mit BRCA1 / 2 Mutationen. Daher wird die Verfügbarkeit von neuen , kostengünstige und umfassende Technologien , um diese Mutationen zu screenen entscheidend für die Patienten - Kandidaten für zielgerichtete Therapien zu identifizieren. "

Die Forscher verwendeten eine Technik namens Long Range PCR amplifiziert BRCA1 / 2-Fragmente , wie bekannt Amplikons zu erzeugen, aus der DNA von 12 familiäre Brustkrebspatientinnen. Die Amplikons wurden mit tiefen Sequenzierung, auch als Next Generation Sequencing (NGS ), die zum gleichzeitigen Screenen von Millionen von DNA-Molekülen erlaubt , dadurch drastisch zunehmenden Geschwindigkeit und Durchsatz bekannt gescreent. Während herkömmliche Screening-Methoden zielen nur die Exons der Gene BRCA1 / 2 , können tiefe Sequenzierung des gesamten genomischen Region Bildschirm , einschließlich Introns und untranslatierten Regionen . Die Proben waren zuvor mit herkömmlichen Methoden , die einen Vergleich der Ergebnisse analysiert.

Neben der Identifizierung einer genetischen Variante , die auf menschliches Versagen verpasst wurde , die neue Methode erfolgreich alle erwarteten BRCA1 / 2 Varianten identifiziert. Sie identifizierten sowohl Exon und Intron / Exon- Grenze Varianten . Der Test wurde bei einem sehr niedrigen Kosten mit einer Durchlaufzeit von 12 Tagen durchgeführt , und . " Einer der wichtigsten Vorteile der Workflow von Langstrecken- PCR ist die Fähigkeit, große Genomduplikationen, Deletionen und Insertionen visuell zu erkennen ", erklärt Dr. Ozcelik . " In Verbindung mit der nächsten Generation Sequenzierung kombiniert , große Reichweite PCR kann ein leistungsfähiges Werkzeug für den Nachweis von BRCA -Varianten in der Klinik sein . Unsere Methode bestätigte die Anwesenheit von Varianten mit sehr hoher Genauigkeit und ohne falsch-positive Ergebnisse . "

Langstrecken- PCR und Sequenzierung der nächsten Generation identifiziert eine Vielzahl von Intron- BRCA1 / 2 Varianten , die beide häufig vorkommende und selten, dass einzeln oder in Kombination kann Auswirkungen BRCA1 / 2 -Funktion. Dr. Ozcelik stellt fest, dass trotz der geringen Stichprobengröße zeigen die Daten eine große Variabilität in der Anzahl, Art und Häufigkeit der Varianten, die aus familiären Brustkrebs-Patienten identifiziert werden können.

"Unsere Herausforderung besteht nun darin, analytische Methoden , die systematisch diese umfassendere Daten zu untersuchen , um eine bessere Risikoinformationen für die klinische Behandlung der Krankheit bieten zu etablieren ", sagt Dr. Ozcelik . "Angesichts der umfangreichen Maß an genetischer Information von jedem Patienten erworben hat, können die Profile bei Brustkrebs-Patientinnen im Vergleich zur Bevölkerung aufgebaut werden kontrolliert , um ein wirksameres Mittel zur Erzeugung von BRCA1 / 2 -assoziierte Risiko für die Menschen und ihre Familien zu produzieren.