Die Anerkennung eines Kausalzusammenhangs zwischen Mutationen in BRCA1 und BRCA2 -Genen und einem erhöhten Risiko , an Brustkrebs und Eierstockkrebs hat die Nachfrage nach Gentests intensiviert. Identifizierung von Mutationen in diesen großen Gene durch herkömmliche Verfahren kann zeitaufwendig und kostspielig sein. Ein Bericht in der November -Ausgabe des Journal of Molecular Diagnostics beschreibt eine neue Technik, mit der zweiten Generation Sequencing -Technologie, die so empfindlich wie die Standardmethode ist aber hat das Potenzial, die Effizienz und Produktivität von Gentests Labors verbessern.
" In unserem Labor , so dass die Prüfung auf dieser Mutationen ist etwa 25% der Patienten mit hohem Risiko , die BRCA1- oder BRCA2- Tests unterzogen werden ein Ergebnis mit einem echten oder mehrdeutige Beziehung zu erblichen Krebsrisiko erzeugen ein wichtiges Instrument , um Personen, die von profitieren würden vorbeugende Operation oder erhöht Brustkrebs Überwachung ", sagt Studienleiter Aly Karsan , MD, von der Genome Sciences Centre und Abteilung für Pathologie der BC Cancer Agency .
Dr. Karsan , der sagt, dass seine Institution derzeit erhält mehr als 500 Anfragen jährlich für solche Gentests erwartet Nachfrage steigen und Wartezeiten zu erhöhen, wie das öffentliche Bewusstsein erweitert , vor allem nach einer solchen hochkarätigen Patienten wie Angelina Jolie . Treibt die Nachfrage wird die Identifizierung von zusätzlichen verdächtigen Gene und die Entdeckung der genetischen Faktoren prädiktiv Reaktion auf neue Therapien sein . Infolgedessen besteht ein Bedarf für eine schnellere und kostengünstige Prüfung mit zusätzlichen Analysefunktionen .
Erhöhte Effizienz der entwickelten Methodik bietet zusätzliche Vorteile für die Patienten . Die Forscher vorstellen , dass mehr Frauen in der Lage, getestet werden , einschließlich solcher ohne Familiengeschichte von Brust- oder Eierstockkrebs . Ein weiterer Vorteil ist , daß mehr genomischen Regionen können von einem einzigen Test analysiert werden, so dass die gleichzeitige Analyse von anderen Genen, kann auch auf Brust- oder Eierstockkrebsanfälligkeitbeitragen .
Die Forscher warnen, dass , wie mehr Frauen Gentests unterziehen , besteht eine erhöhte Wahrscheinlichkeit, dass Varianten von unbekannter Bedeutung oder zufällige Entdeckungen . Sie warnen , dass die Auslegung dieser Varianten kann schwierig und zeitaufwendig sein , und die Modalitäten für die Meldung dieser Ergebnisse an Ärzte und Patienten entwickelt werden.
Technische Details der Studie
Next - Generation Sequencing (NGS ) bezieht sich auf Technologien, die die Fähigkeit, Folge Millionen von DNA-Matrizen parallel zu teilen. Die Bedingungen der zweiten Generation ( und dritten Generation ) Sequenzierung verwendet werden, um die Entwicklung der Sequenzierungstechnologie der ersten Generation , Didesoxy " Sanger ' Sequenzierung zu beschreiben. Die neuen DNA -Sequenzierungstechnologien sind , einen bedeutenden Einfluss auf das Erkennen, das Management und die Behandlung von genetischen Erkrankungen, wie Eierstock- und Brustkrebs .
Die im vorliegenden Bericht beschriebenen zweiten Generation Sequenzierung Test verwendet automatisierte kleine Amplikon PCR Probe -Pooling und Sequenzierung folgte mit einer zweiten Generation Instrument . Der Zielbereich ausgewählt wurde gedacht, um die Mehrheit der krankheitserregenden Sequenzänderungen in BRCA1 und BRCA2 umfassen .
Die Forscher testeten die Assays unter Verwendung einer Gruppe von 91 Patienten, genomischen DNA-Proben , 48 retrospektiv ausgewählt und 43 prospektiv . Vergleicht man die Ergebnisse mit denen von der Norm Didesoxysequenzierung Methodik erhalten , fanden die Forscher 100 % ige Übereinstimmung zwischen den beiden Methoden , ohne falsch-positive oder falsch-negative Vorhersagen. Die Methode erzeugt hochwertigen Sequenzabdeckung in allen Zielregionen mit mittleren Abdeckung von mehr als 4000 -fach für jede Sammelprobe . Nach einigen technischen Anpassungen (wie beispielsweise die Einstellung der maximalen Tiefe Parameter auf einen beliebig hohen Wert von 500.000 mit samtools Software und die Auswahl als 100.000 On-Target Ausrichtungen Schwelle) , erwies sich die Methode empfindlich und spezifisch zum Nachweis von Varianten in Gensequenzen .